Перезавантаження "Матриці" буде триває всього 72 години. Рівно три доби, за підрахунками повстанців, знадобиться потужній Матриці, щоб докопатися до Зеона (Зіон), що перебуває в неймовірних земних глибинах, недалеко від рідкого ядра планети. Нео, Трініті та Морфеус продовжують керувати повстанням людей проти Армії Машин. Для знищення системи репресій і експлуатації вони змушені вдатися не тільки до арсеналу чудової зброї, але й до своїх видатних навичок. Участь у місії по порятунку людської раси від її повного винищування приносить їм більш глибоке розуміння конструкції Матриці й усвідомлення центральної ролі Нео в долі людства.