Перезагрузка "Матрицы" будет длится всего 72 часа. Ровно трое суток, по подсчетам повстанцев, понадобится могущественной Матрице, чтобы докопаться до Зеона (Зион), находящегося в невероятных земных глубинах, недалеко от жидкого ядра планеты. Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание констукции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.