Министерство доходов и сборов определено главным органом в системе органов центральной власти по вопросам обеспечения формирования единой государственной налоговой и таможенной политики в части администрирования налогов и сборов, таможенных платежей и единого социального взноса. Важной функцией Министерства остается борьба с правонарушениями при применении налогового и таможенного законодательства, а также законодательства по вопросам уплаты единого взноса.
При Министерстве и в дальнейшем будет функционировать налоговая милиция. Согласно Налоговому и Уголовно-процессуальному кодексу, она будет выполнять функции по выявлению и расследованию преступлений в сфере налогообложения.
Во исполнение поручения Президента по уменьшению давления на бизнес, Министерство доходов и сборов переориентировало работу по выявлению и расследованию правонарушений в пределах риск-ориентированной системы мониторинга. Максимальное внимание уделено аналитической работе с минимальным вмешательством в дела добросовестных налогоплательщиков.